Ein ähnlicher PCR-Assay wurde für die Typisierung von Stämmen der pathogenen Hefe Candida krusei (2, 3) beschrieben. Diese Methode basiert auf dem 164-bp NTS-Unterwiederholungselement CKRS-1, das als sechs vollständige Kopien in der analysierten Sorte vorhanden war (2). Diese Autoren berichteten ein einzigartiges CKRS-1 PCR-Muster für jeden der 95 unabhängigen C. Krusei-Stämme oder Patienten, die sie untersuchten, was in deutlichem Gegensatz zur Situation mit T. rubrum steht, in der 40% der Stämme zu einem einzigen Mustertyp gehören (Typ 1) und 75% aller Isolate eines von vier einfachen Mustern aufweisen (Typen 1 bis 4). Der Grund für diese begrenzte Anzahl von gemeinsamen PCR-Typen kann sich auf die vermutete asexuelle Natur von T. rubrum beziehen (das Anamorph dieser Art wurde nicht beschrieben), da die genomische Vielfalt am rDNA-Ort durch das Fehlen einer sexuellen Rekombination eingeschränkt werden kann. Eine alternative Hypothese beinhaltet die zeitgenössische geographische Strahlung dieser Art aus Endemicity-Schwerpunkten in Südostasien und Westafrika, die möglicherweise erst Mitte des 19. Jahrhunderts aufgetreten ist (5, 13). Diese globale Verbreitung vonT. Rubrum könnte auf die schnelle Verbreitung einer begrenzten Anzahl von vergleichsweise undifferenzierten Klonen zurückzuführen sein, was die begrenzte Anzahl der hier gemeldeten pcR-Typen widerspiegelt. Stämme dieser häufigen PCR-Typen können spezifische Eigenschaften von Pathogenität oder Infektiosität aufweisen, die ihre Ausbreitung verbessert haben.

MALDI-TOF MS konnte die meisten T. violaceum-Stämme von T. rubrum und T. soudanense trennen, hatte aber eine unzureichende diskriminierende Macht, um unmissverständlich zwischen T. rubrum und T. soudanense zu unterscheiden. Eine aktuelle Studie zur Identifizierung von Dermatophyten mit MALDI-TOF MS legt nahe, dass die Aufnahme von T. soudanense in die Datenbank möglicherweise zur falschen Identifizierung von T.

rubrum (41) führt. Außerdem konnten einige Stämme nicht mit MALDI-TOF MS identifiziert werden, da das Wachstum auf Agarplatten mit einer längeren Kultivierungszeit schlecht war. iii) ITS-Vielfalt. Polymorphismen in ITS-Sequenzen von 175 Stämmen aus dem T. rubrum-Komplex wurden mit DNASP (v5.10) Software nachgewiesen. Die Anzahl der polymorphen Standorte (S), die haplotypische Vielfalt (Hd) und die durchschnittliche Anzahl paarweiser Nukleotidunterschiede pro Standort (B) wurden berechnet (Lücken/fehlende Daten wurden einbezogen). Ein Haplotyp-Netzwerk wurde im Netzwerkprogramm (v4.6.1.0) (Fluxus-Technology, UK) mit der Methode der Medianverbindung aufgebaut. Die Blätter wurden getrocknet, gepresst und vor schwarzem Samthintergrund fotografiert (Auflösung von 3264 x 2448 Pixel). Zwei Blätter pro Pflanze wurden in der Regel analysiert, obwohl bis zu fünf Blätter verwendet wurden, wenn es 10 Pflanzen für eine Samenquelle gab . Blätter wurden für die Bildanalyse in Photoshop 10.0 (Adobe Systems, San Jose, CA, USA) nach den Protokollen von Huff et al. [26] und Royer et al.

[27] vorbereitet. Kurz gesagt, Petiolen werden entfernt und kleinere Defekte entlang des Blattrandes werden mit den Linien- und Säserwerkzeugen (z.B. Abb. 2A) repariert. Nach dem Duplizieren des vorbereiteten Blattes werden seine Zähne abgetrennt; in der Regel geschieht dies mit einer geraden Linie zwischen den Grenzsinusen jedes Zahnes (ausnahmelos siehe Ref. [27]). Nach Fertigstellung gibt es zwei Versionen des Blattes: das komplette Blatt (mit freistehenden Blatt) und das Blatt mit seinen Zähnen abgelöst. Als Nächstes werden Blattgrößen- und Formvariablen, die mechanistisch mit MAT [28] , [31] (siehe Einleitung) verknüpft sind, mit Image-J (rsb.info.nih.gov/ij/) gemessen oder berechnet.

Diese Variablen können in drei Kategorien gruppiert werden: Blattsektion (Formfaktor [4 – Blattfläche/Perimeter2], Kompaktheit [Perimeter2/Fläche], Umfangsverhältnis [Perimeter/Interner Umfang, wobei der interne Umfang der Umfang nach der Ablösung der Zähne ist]), Zahnanzahl (Anzahl der Zähne, Anzahl der Zähne/Blattperimeter, Anzahl der Zähne/Blattfläche) und Zahngröße (Zahnfläche, durchschnittliche Fläche eines einzelnen Zahnes, Zahnfläche/Blattumfang).